Запорожский многопрофильный лицей № 99 был основан в 1987 году как средняя школа № 99. В 1990 году решением Областного исполнительного комитета Запорожской области школе был присвоен статус «Многопрофильная школа-лицей».

Главной идеей развития учреждения всегда было создание современного и конкурентного учебного заведения, способного давать качественное углубленное многопрофильную образование, быстро реагирующую на новые образовательные потребности.

Создание многопрофильного образовательного среды приводит к серьезному изменению подходов в отборе содержания образования.

Определяя эксперимент как научно-обоснованный опыт, как метод познания, при помощи которого исследуется педагогическое явление, ищется новый способ решения педагогических проблем, коллектив лицея использует экспериментальную деятельность, как средство разработки и освоения инноваций, являющиеся условиями интенсификации учебного процесса.

Направления экспериментальной деятельности: модернизация модели многопрофильного лицея, создание научно-методической, организационной и правовой базы переориентации образовательной системы школы на основе компетентностно-направленного обучения, участие во Всеукраинском эксперименте по совершенствованию структуры и содержания общего образования; информатизация образовательной системы школы, внедрение в учебный процесс современных педагогических и информационных технологий, направленных на формирование ключевых, предметных компетенций и жизненных навыков, внедрение технологии самопознания, самосовершенствования и самообразования учащихся; сотрудничество с высшими учебными заведениями Запорожье, направленная на формирование методологической компетентности учащихся по профильным предметам; работа с одаренными и способными детьми (индивидуальный образовательный маршрут) - приоритетная сфера для апробации и экспериментального внедрения новых идей и технологий, разработка эффективной системы мониторинга, прогнозирования и коррекции результатов образовательной деятельности на основе компетентностно-направленного обучения.

Результаты экспериментальной и инновационной работы лицея привели к серьезным качественным изменениям как в организации образовательного процесса, так и в результатах образовательной деятельности. Постоянно повышается уровень профессионализма педагогов - из 120 учителей 94 имеют высшую квалификационную категорию, 26 звание «старший учитель», 45 «учитель методист», 100% учителей владеют информационно коммуникационными технологиями, активно идет процесс внедрения информационных технологий в учебно-воспитательный процесс и учебно методическую работу.

Общее количество победителей и призеров III и IV этапов Всеукраинских олимпиад и конкурса творческих работ Малой академии наук Украины в течение 2007-2010 годов - 380 учащихся.

Выпускники лицея по итогам внешнего независимого оценивания продемонстрировали качество знаний в 2009/10 учебном году 93% -100% по украинскому языку и профильным предметам.

Положительные итоги экспериментальной деятельности делают актуальным ними возможность тиражирования инноваций. Материалы инновационного опыта лицея неоднократно демонстрировались на городских, региональных, всеукраинских и международных образовательных выставках, где были от значении наградами. Лицей является дипломантом V международной выставки презентации «Образование Украины - 2008», XI и XII международных выставок учебных заведений «Современное образование в Украине» в номинации «Инновационные педагогические технологии в учебном процессе», удостоен Почетного звания «Лидер в создании современных средств обучения» .