Запорізький багатопрофільний ліцей № 99 був заснований в 1987 році як середня школа № 99. У 1990 році рішенням Обласного виконавчого комітету Запорізької області школі було присвоєно статус «Багатопрофільна школа-ліцей».

Головною ідеєю розвитку закладу завжди було створення сучасного та конкурентного навчального закладу, здатного забезпечити якісну поглиблену багатопрофільну освіту, швидко реагуючи на нові освітні потреби.

Створення мультидисциплінарного освітнього середовища призводить до серйозної зміни підходів до відбору освітнього контенту.

Визначаючи експеримент як науково обґрунтований досвід, як метод пізнання, за допомогою якого досліджується педагогічне явище, шукається новий спосіб вирішення педагогічних проблем, колектив ліцею використовує експериментальну діяльність як засіб розвитку та освоєння інновацій, які є умовами для активізації навчального процесу.


Напрямки експериментальної діяльності: модернізація моделі багатопрофільного ліцею, створення науково-методичних, організаційно-правових засад переорієнтації освітньої системи школи на основі компетентно-спрямованої освіти, участь у Всеукраїнському експерименті з покращення структури та змісту загальної освіти; інформатизація освітньої системи школи, впровадження сучасних педагогічних та інформаційних технологій, спрямованих на формування ключових, предметних компетенцій та життєвих навичок, впровадження технології самопізнання, самовдосконалення та самоосвіти студентів; співпраця з вищими навчальними закладами області, спрямована на формування ключових, предметних компетенцій та життєвих навичок. Формування методичної компетентності студентів зі спеціалізованих предметів; робота з обдарованими та спроможними дітьми (індивідуальний освітній маршрут) є пріоритетним напрямком тестування та експериментального впровадження нових ідей і технологій, розробки ефективної системи моніторингу, прогнозування та корекції результатів освітньої діяльності на основі грамотно спрямованого навчання.

Результати експериментальної та інноваційної роботи ліцею призвели до серйозних якісних змін як в організації навчального процесу, так і в результатах освітньої діяльності. Рівень професіоналізму педагогів постійно зростає - зі 120 викладачів 94 мають вищу кваліфікаційну категорію, 26 ранг "старший викладач", 45 "вчитель-методист", 100% викладачів володіють технологіями інформаційної комунікації, активно ведеться процес впровадження інформаційних технологій у навчальний процес  та просвітницьку роботу.

Загальна кількість переможців та призерів III та IV етапів Всеукраїнської олімпіади та конкурсу творчих робіт Малої академії наук України протягом 2007-2010 років - 380 учнів.

Випускники ліцею за результатами зовнішнього незалежного оцінювання продемонстрували якість знань у 2009/10 навчальному році 93% -100% з української мови та профільних предметів.

Позитивні результати експериментальної діяльності роблять актуальними можливість тиражування нововведень. Матеріали інноваційного досвіду ліцею неодноразово демонструвалися на міських, обласних, національних та міжнародних освітніх виставках, де їх нагороджували нагородами. Ліцей є випускником V міжнародної виставки презентації «Освіта України – 2008», XI та XII міжнародних виставок навчальних закладів «Сучасна освіта в Україні» в номінації «Інноваційні педагогічні технології в навчальному процесі», удостоєний Почесного звання «Лідер у створенні сучасних засобів навчання».